Son considerados uno de los clanes más poderosos de la Aldea Oculta de Konoha, y están especializados en técnicas de fuego. El Sharingan es la técnica de línea sucesoria que les caracteriza. Se trata de un tipo de ojo que les permite copiar las técnicas del enemigo, así como los otorga otros beneficios.
Antes de la fundación de Konoha, en una época de guerra entre clanes ninja que deseaban aumentar su territorio y eran contratados cual mercenarios, dos clanes sobresalieron entre todos, los Senju y los Uchiha. Los Uchiha poseen un enorme y especial chakra además del Sharingan. Entre estas personas especiales, dos hermanos sobresalieron entre todos, despertaron su sharingan y su rivalidad les llevó incluso a despertar el Mangekyō Sharingan a costa de un sacrificio. Ambos se hicieron con el control del clan y el mayor, Madara Uchiha tomó el liderazgo llevando al clan a innumerables victorias.
No obstante algo le ocurrió al cuerpo de Madara, el uso de su Mangekyō Sharingan lo llevó a estar postrado en una cama, desesperado por hallar la luz, tomó los ojos de su hermano, lo que le permitió obtener un Mangekyō Sharingan eterno. La lucha y la rivalidad entre los Senju y los Uchiha aumentó y las batallas eran constantes, Madara era el único que podía enfrentarse al pdoeroso Hashirama y finalmente ante el desgaste de ambos bandos, se firmó la paz. Madara no la deseaba pero aceptó ante el deseo de su gente, ambos clanes fundaron en el País del Fuego una aldea oculta, Konoha con el liderazgo consensuado de Hashirama, al que se le dio el título de Hokage y el sobrenombre de Shodaime.
Madara temiendo que la desventaja de su clan los llevara a la ruina protestó, pero su propio clan le dio la espalda y le llamó avaricioso, echándole en cara la mutilación de su hermano, Madara abandonó la aldea entonces para volver posteriormente y desafiarla, tras la épica batalla con Hashirama en el Valle del Fin, el poderoso Uchiha fue derrotado y dado por muerto. En Konoha el sucesor de Hashirama, su hermano menor Nidaime como muestra de confianza le dio el poder policial al clan Uchiha al tiempo que vigilaba con ANBU a dicho clan.
Años después, tras el ataque de Kyūbi a la aldea y el sacrificio de Yondaime, se culpó a los Uchiha de ello y el gobierno de la villa (consejeros y Danzō) desautorizaron a Sandaime, segregando a los Uchiha en la villa y desconfiando por completo de ellos. Los Uchiha se unieron liderados por Fugaku Uchiha y planearon un Golpe de Estado para cambiar esta situción e incluso infiltraron a un espía entre los ANBU, el propio hijo del líder, el portentoso Itachi Uchiha.
Sin embargo este odiaba la guerra y comprendiendo la inestabilidad que produciría una lucha interna por el poder, prefirió ser leal a Konoha. De nuevo Sarutobi es desautorizado e Itachi recibe la orden de acabar con su clan, este accede y contacta con el escondido Madara Uchiha para pedirle que a cambio de destruír al clan, dejase en paz al resto de la villa, este accede y tras despertar Itachi su Mangekyō Sharingan, todo el clan es asesinado salvo el hermano menor de Itachi, Sasuke Uchiha. Itachi logra que Danzō y los consejeros respeten a este Uchiha bajo la amenaza de divulgar la verdad y hace que Sandaime le oculte la verdad al tiempo que lanza a su hermano a un camino de odio y venganza para fortalecerlo, Itachi finalmente abandona la villa como un criminal extremadamente peligroso y entra en la Organización Akatsuki de Madara para proteger la Villa desde dentro.
